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Text File  |  1994-10-28  |  3.7 KB  |  110 lines  |  [TEXT/ttxt]
  1. # File PROJECTS
  2. # RasMol2, Roger Sayle
  3. # Glaxo Research & Development
  4. # Last Modified 24/10/94
  5.  
  6. # Any person (university or company) wishing to help with any
  7. # of the projects described below, please e-mail the author at
  8. # "ras32425@ggr.co.uk".
  9.  
  10.  
  11. [A] Machine Independent
  12. =======================
  13.  
  14. [A1] Input Formats
  15. ------------------
  16.     [1] Gaussian and Mopac (cartesian & z-matrix) files.
  17.     [2] BioSym's .car format (including polymer extensions).
  18.     [3] Macromodel format files.
  19.     [4] DayLight Chemical System's Thor data trees (.tdt)
  20.     [5] Support for complex parsing of mmdb and CIF files
  21.  
  22. [A2] Chemistry/Biology Support
  23. ------------------------------
  24.     [1] Define "cisproline" from Omega angles.
  25.     [2] Priestle-style Structure Smoothing
  26.     [3] Crystallographic Symmetry operators.
  27.     [4] Determine charges using "Marselli-Gasteiger"
  28.     [5] Read default SSBOND from PDB file.
  29.     [6] Reconstruct backbone from alpha-carbons [for ribbons]
  30.     [7] Richardson's `typed' turn definitions (instead of DSSP)
  31.     [8] "phi" & "psi" properties of amino acid residues.
  32.     [9] "helix(3)" and "turn(2)" subtypes in expressions.
  33.  
  34. [A3] Output Formats
  35. -------------------
  36.     [1] Write out secondary structure to PDB files
  37.     [2] Persistance of Vision (POV) ray tracer format
  38.     [3] SGI's IRIS (.rgb) format raster files
  39.     [4] Vector PostScript output of Ribbons (MolScript)
  40.  
  41. [A5] Representations
  42. --------------------
  43.     [1] Group Spheres Representation 
  44.     [2] Flat Capped Cylinder Representation
  45.     [3] Richardson/Lesk Arrow Representation
  46.     [4] Ortep Style thermal ellipsoid Graphics.
  47.     [5] Full `Connolly' Solvent Accessible Surface
  48.     [6] Solid Polygonal Surfaces [like GRASP].
  49.     [7] Priestle "Ribbons" for alpha carbon only backbones.
  50.     [8] Solid `Extruded Ellipse' Representation (MIDAS & Ribbons)
  51.  
  52. [A4] Rendering
  53. --------------
  54.     [1] Zaphod (Stereo) Mode Transformation
  55.     [2] Red-Green Stereo line drawings
  56.     [3] Improved Quality Cylinder Rendering
  57.     [4] Shadow Casting from Cylinders (IA & Quadric).
  58.     [5] Improved Dashed Vector (dotted line) Implementation
  59.     [6] Back Slabbing/Clipping Plane
  60.     [7] Shadow Casting from (Ribbon/Surface) Polygons
  61.  
  62. [A5] Misc.
  63. ----------
  64.     [1] Rewrite Manual and develop tutorial introduction.
  65.     [2] RESIZE command to set resolution even in non-iteraactive mode.
  66.     [3] Increased support for MolScript expressions.
  67.     [4] Interactively check distances & angles.
  68.     [5] BSD `socket'-based Inter-process Communication (OML & Flex).
  69.  
  70.  
  71. [B] Machine & OS Dependent
  72. ==========================
  73.  
  74. [B1] UNIX & X11 Window System
  75. -----------------------------
  76.     [1] FileOpen and FileSave Dialog Boxes
  77.     [2] X Windows Resource Database (XDefaults)
  78.     [3] Graphics Tablet and Spaceball Input
  79.     [4] X11's SGIFullScreenStereo Extension
  80.     [5] Develop Monochrome XDrawLine version of RasMol.
  81.     [6] Develop Monochrome/4-bit plane dithered variant.
  82.     [7] Colour 85x67 Icon for 4Dwm on SGI Machines!
  83.  
  84.  
  85. [B2] MS-DOS & MS Windows 3.1
  86. ----------------------------
  87.     [1] MS Windows WINDOWS.INI File Processing
  88.     [2] DDE Transfer of Valuators
  89.     [3] Develop 32/24bit graphics version of RasWin
  90.  
  91. [B3] Apple Machintosh & PowerMac
  92. --------------------------------
  93.     [1] Select and Copy text from the command line.
  94.     [2] Simple AppleEvents to ExecuteCommands.
  95.     [3] Advanced AppleEvents to Transfer Data.
  96.     [4] Initialisation [Preference?] File.
  97.     [5] Associate Icons, Types and Creators with files.
  98.  
  99. [B4] VAX/AXP VMS
  100. ----------------
  101.     [1] Improved filename parsing and expansion!
  102.     [2] Spawn process to uncompress files.
  103.  
  104. [B5] Other Systems
  105. ------------------
  106.     [1] Acorn Archimedes (ARM) version for UK schools.
  107.     [2] Commodore Amiga version (???).
  108.  
  109.  
  110.